人体消化道细菌的综合目录

人体消化道是成千上万种不同细菌的家园。其中许多是有益的,而其他有助于健康问题,如炎症性肠病。麻省理工学院和布罗德研究所的研究人员现

人体消化道是成千上万种不同细菌的家园。其中许多是有益的,而其他有助于健康问题,如炎症性肠病。麻省理工学院和布罗德研究所的研究人员现在已经分离并保存了近8000种这些菌株的样本,同时也澄清了它们的遗传和代谢背景。

人体消化道细菌的综合目录

该数据集(BIO-ML)可供其他想要使用它的研究人员使用,应有助于揭示人体肠道中微生物种群的动态变化,并可帮助科学家开发针对多种疾病的新疗法, Eric Alm,麻省理工学院微生物组信息学和治疗学中心主任,麻省理工学院生物工程和土木与环境工程教授。

“微生物组领域有很多兴奋,因为这些细菌与健康和疾病之间存在关联。但我们缺乏理解为什么,机制是什么,以及这些细菌的功能是什么?导致他们与疾病相关,“该研究的资深作者Alm说。

研究人员收集了大约90人的粪便样本,长达两年,使他们能够深入了解微生物种群在个体内的变化情况。这项研究的重点是生活在波士顿地区的人们,但研究小组现在正在收集来自全球各地的更多样本,希望能够保留生活在工业化社会中的人们所没有的微生物菌株。

“现代技术比以往任何时候都更能让我们分离出以前没有培养的人类肠道细菌。探索这种遗传和功能多样性是令人着迷的 – 我们所看到的每一个地方,我们都发现了新的东西。我相信,丰富的生物库具有多种多样的菌株来自生活多样化生活方式的人对于人类微生物组研究的未来发展至关重要,“麻省理工学院高级博士后人士Mathilde Poyet说道,该研究的主要作者之一。

麻省理工学院研究助理Mathieu Groussin和前博士后Sean Gibbons也是这项研究的主要作者,该研究出现在9月2日出版的“自然医学”杂志上。Ramnik Xavier是哈佛大学医学院的医学教授,也是Broad研究所的成员,与Alm一起担任该研究的高级作者。

微生物动力学

人类的消化道中有数万亿的细菌细胞,虽然科学家认为这些种群随着时间的推移会发生变化和演变,但几乎没有机会观察到这一点。通过OpenBiome组织收集用于研究和治疗目的的粪便样本,Alm和他在麻省理工学院和Broad研究所的同事可以获得大约90人的粪便样本。

对于他们的大多数分析,研究人员关注的是大约十二个人在长达两年的时间内提供样本的微生物。

“这是一个独特的机会,我们认为,真正尝试更彻底地挖掘和表征微生物种群的人将是一大群人,”Alm说。“到目前为止,还没有大量的纵向研究,我们希望将其作为我们研究的重点,因此我们可以理解每天的变化。”

研究人员能够从主导人类胃肠道的六种主要细菌门中分离出总共7,758种菌株。对于3,632个这些菌株,研究人员对其全基因组进行了测序,并且他们还对剩余菌株的部分基因组进行了测序。

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