编制健康的人体肠道微生物组参考数据库的初步步骤正在进行中

2019年9月12日14:59:28编制健康的人体肠道微生物组参考数据库的初步步骤正在进行中已关闭评论
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2019年9月11日在美国乔治华盛顿大学医学中心的Charles Hadley King的开放获取期刊PLOS ONE及其同事发表的一项研究中描述了初始基线健康…

2019年9月11日在美国乔治华盛顿大学医学中心的Charles Hadley King的开放获取期刊PLOS ONE及其同事发表的一项研究中描述了初始基线健康肠道微生物组数据库和丰度概况。

尽管人类肠道微生物组对整体健康的重要性的研究兴趣持续增长,但目前还没有针对研究人员和患者的全面的肠道微生物组参考列表。在这项研究中,King及其同事开始对健康人体肠道微生物组的有机构成进行编目,并为临床医生开发了一个原型报告模板,以便将结果传递给患者。

为了编制他们的数据库,作者对来自华盛顿特区乔治华盛顿大学校园招募的16名健康参与者的48份粪便样本进行了遗传测序,此外还使用了从人类微生物组项目下载的50个粪便宏基因组样本,这些样本被筛选为“健康”。

在使用基于软件的新工作流程解析所有样本的基因组和宏基因组序列后,King及其同事使用NCBI的全面和公开可用的遗传信息,在所有样本(GutFeelingKB)中汇编了确认微生物及其相对丰度的初始数据库,以提供元数据。描述的有机体。

GutFeelingKB描述了跨越60个不同属的157种生物(155种细菌和两种古菌生物)。最大的细菌门是Firmicutes(列表中所有生物的40%),其中由20%的梭菌,19%的Bacterioidia,17%的双歧杆菌,14%的肠杆菌和14%的乳杆菌属细菌组成。酸奶和其他益生菌食品中也含有细菌。作者还指出,所有样本中共有84种生物,这可能表明它们可能是人类肠道的核心物种。

这项研究只招募了16名参与者,一小部分样本。但是,虽然进一步的研究可能会继续识别来自世界各地的健康肠道中存在的其他生物,但GutFeelingKB是重要的第一步。该数据库可作为样本比较分析和未来患者微生物组治疗发展的起点。

作者补充说:“我们的目标是绘制健康的肠道微生物组,以便我们和其他研究人员可以利用我们的数据开发疾病特异性预测模型。”